Wspólnota powstała w 1994 r. Jej założycielem i pierwszym opiekunem był o. Kazimierz Kubacki SJ.
Początki nie były łatwe. Kiedy ojciec przyjechał do Gdańska, szukał ludzi, z którymi mógłby stworzyć wspólnotę akademicką. Dowiedział się, że w akademiku Politechniki Gdańskiej, który widać z SKM-ki, mieszka dziewczyna, która gra na gitarze i nadaje się do wspólnoty. W ten sposób pojawiła się Lucyna Gulczyńska. Ona z kolei znała Marcina Urbańskiego, pojawiła się też Ula Pietrusewicz i kilka innych osób. W ten sposób zawiązała się niewielka grupa, która spotykała się regularnie na środowej modlitwie oraz wieczorach przy herbacie w pokoju ojca Kazika. Według historii przekazywanej młodszym pokoleniom Efraima pierwsza ekipa była tak liczna, że w drodze na rekolekcje zmieścili się wszyscy do taksówki 😉 Z czasem dołączały kolejne osoby. Na następnych rekolekcjach było nas już podobno 20, a na kolejnych 120.
Wspólnota przez dłuższy czas szukała nazwy dla siebie. Były różne propozycje, min. Drink Bar i Córy Syjonu 😉 Pan Bóg zadecydował, że będziemy nazywać się EFRAIM, na potwierdzenie czego dał nam fragment z księgi Ozeasza (11,3-4).
Przez lata wspólnota zmieniała się, studenci stali się osobami pracującymi, wielu założyło rodziny, a na ich miejscu pojawili się inni ludzie. Część z nas pożegnała się na stałe z Efraimem, część nadal w jakimś stopniu uczestniczy w życiu wspólnoty, często razem z małżonkami i dziećmi, inni są z nami duchowo, fizycznie będąc daleko.
Część rodzin przeszło do wspólnoty Efraim Rodziny, która także funkcjonuje przy parafii Św. Krzyża we Wrzeszczu.
W latach 2006-2013 duszpasterzem wspólnoty był o. Janusz Warzocha SJ, po nim stery we wspólnocie przejął o. Piotr Kropisz SJ, który był duszpasterzem do października 2016 roku . Obecnie duszpasterzem akademickim wspólnoty jest o. Paweł Kowalski SJ
